फिल्म की कहानी पिछले दो फिल्मों, डॉन ऑफ द प्लैनेट ऑफ द एप्स और राइज़ ऑफ द प्लैनेट ऑफ द एप्स की घटनाओं के बाद की है। इस फिल्म में, सीज़र (एंडी सर्किस) और उसके वानरों का समूह एक सुरक्षित और शांतिपूर्ण जीवन बनाने की कोशिश कर रहा है, जबकि मानवता एक वायरस के कारण लगभग नष्ट हो गई है।